聯合臺灣基督徒醫務、醫療等健康科學從業人員，為宣揚基督博愛精神，廣傳福音，服務社會而成為一個團契為旨。

1. 提高全人醫療品質，促進全民健康。
2. 舉辦學術研習會、培靈訓練、交流及演講會。
3. 舉辦及參加國內外醫療服務及交流等事工。
4. 關懷醫療人員及醫護學生之傳道、授業、解惑等輔導事工。
5. 發行有關本會學術研究、傳道事工及資訊、活動等刊物。
6. 其他有關醫療傳道及服務諸事工。

第二次世界大戰以後，台灣在社會、經濟、文化等各方面建設均有了快速之進步，基督教醫療團體也蓬勃興起。先由本會幾個前身團體如：台北基督教醫學協會、台中基督教醫學聯誼會，嘉義、台南、高雄及台東基督教醫療團，天主教醫師聯誼會等分別展開各種事工活動。其後因國際團體交流亦趨頻繁，促使我們覺得有組織代表全國性基督徒醫療團體之必要。

　　因此於民國五十五年十月廿五日台灣光復節，在日月潭涵碧樓舉行由台北基督教醫學協會與台灣基督教福利會合辦之家庭計劃基督教領袖會議時，參加該會議之海內外各教派傳教士及醫護人員代表們一致贊同開始籌設全國性基督教醫療協會。經五十五年及五十六數次籌備會議，終於五十六年三月三日在台灣台南縣關仔嶺召開第一屆全國性基督教醫務人員聯合靈修會，會期三天。在會期中，中華民國基督教醫學協會（C.C.M.A.）正式成立，時民國五十六年三月五日。

　　從此協會本著宗旨從事各種醫療與傳道任務，至民國七十八年內政部開放全國社團辦法後，本會即積極申請並於九月獲准成立，而在七十九年一月六日舉行正式成立大會暨第一屆會員大會（原24屆），成為社團法人中華民國基督徒醫學協會。至八十六年二月第四屆第二次會員大會中通過本會對外英文名稱為T.C.M.A.（Taiwan Christian Medical Association）。八十八年四月正式向內政部申請通過變更名稱為台灣基督徒醫學協會。